Национальная комиссия по стандартам финансовой отчетности была создана Указом Президента Кыргызской Республики от 3 апреля 2000 года № 73 "О мерах по реформированию системы бухгалтерской и финансовой отчетности в Кыргызской Республике". В соответствии с Указом Президента Кыргызской Республики от 25 июля 2000 года № 188 "О совершенствовании структуры органов государственного управления Кыргызской Республики" к Национальной комиссии по стандартам финансовой отчетности при Президенте Кыргызской Республики была присоединена Государственная комиссия по аудиторской деятельности при Правительстве Кыргызской Республики, основной функцией которой являлось регулирование аудиторской деятельности.

Объединение двух комиссий позволило скоординировать работу по созданию единой системы бухгалтерского учета и финансовой отчетности, внедрению Международных стандартов финансовой отчетности (МСФО) и Международных стандартов аудита (МСА), а также по регулированию аудиторской деятельности в Кыргызской Республике. В соответствии с вышеназванными указами осуществление единой государственной политики в этой области было возложено на единый государственный орган - Национальную комиссию по стандартам финансовой отчетности и аудиторской деятельности при Президенте Кыргызской Республики.

В соответствии с Указом Президента Кыргызской Республики от 28 декабря 2000 года № 363 «О реорганизации центральных органов управления» Национальная комиссия по стандартам финансовой отчетности и аудиторской деятельности при Президенте Кыргызской Республики была преобразована в Государственную комиссию при Правительстве Кыргызской Республики по стандартам финансовой отчетности и аудиту.

Согласно Постановлению Правительства Кыргызской Республики от 3 января 2001 года № 3 "О реализации указов Президента Кыргызской Республики от 28 декабря 2000 года" О реорганизации центральных органов управления» и «О мерах по дальнейшему совершенствованию управленческих структур государственных органов Кыргызской Республики» были утверждены Распоряжением Премьер-министра Кыргызской Республики от 24 февраля 2001 года № 336 штатное расписание и структура, а 28 февраля 20001 года Постановлением Правительства Кыргызской Республики № 67 было утверждено Положение о Государственной комиссии при Правительстве Кыргызской Республики по стандартам финансовой отчетности и аудиту.